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初次启用控制器时需刷系统卡（初始化卡）和参数卡进行设置，设置完成后计可刷用户卡扣费取电了，在以后的使用中除非扣费标准变化重新制作参数卡后在控制器上刷参数卡传递给控制器外，一般不需再刷系统卡、参数卡。在使用过程中除非控制器掉电记录满10条而无用户刷卡找回金额的情况下控制器不再扣费工作时，由管理人员刷清除卡清除掉电记录外，一般无需管理人员进行管理操作。
1、系统卡使用（初始化卡）
系统卡用于初始化机井控制器，清除机内消费金额、消费人次。将系统卡放在机井控制器感应区，机井控制器显示“SE”并很快显示“Fr”即表示初始化成功；拿开系统卡，此时“Fr”会显示几秒钟即显示正常收费状态“-X-”下。
2、参数卡使用
机井控制器通过参数卡来传递扣费参数的，参数卡向机井控制器传递的扣费参数（参数卡所设置的功能项可参考相应的管理软件）。
初始化机井控制器：将参数卡放在机井控制器感应区，机井控制器显示“SE 1”，卡不拿开，几秒钟后显示“Fr”表示初始化成功。
查询机井控制器消费金额：将参数卡放在机井控制器感应区，机井控制器显示“SE 1”，拿开参数卡后机器依次显示“H xxx”、“xxx.xx”、“J xxx”。“H xxx”表示消费的总人次；“xxx.xx”表示消费的总金额；“J xxx”表示机井控制器机号。
设置机井控制器机号：将参数卡放在机井控制器感应区，机井控制器显示“SE 1”，拿开参数卡后机器依次显示“H xxx”、“xxx.xx”、“J xxx”，再次刷参数卡后，机井控制器机号开始快速增加，当设到所需的机号时将参数卡拿开即可。