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旋风除尘器结构简单，造价便宜，体积小，除尘效率比重力沉降室和惯性除尘器高，且无运动部件，运行管理简便。因此它的应用较为广泛。
旋风除尘器一般只适用于净化非纤维、非黏结性粉尘，以及温度在400度以下的非腐蚀性气体。用于处理腐蚀性气体时，除尘器应采用防腐钢板制作或内壁喷涂防腐材料；用于处理高温气体，则需采取冷却措施，并应选择耐磨性能好的材料。
该除尘器入口风速一般为12-20m/s，当流量不稳定时，对除尘效率和压力损失影响较大。由于气温与体积流量有关，因此不宜用于气温波动很大的场合。同时，应采用气密性好的卸尘装置或其他防止底部漏气的措施。
另外，旋风除尘器一般不宜串联使用。若并联使用时，应尽可能使每台除尘器的处理气量分布均匀，以免除尘器之间产生串流，降低总效率。